在回答这个问题之前，首先我们要搞清楚正科级到底是个什么概念？在“套改”之前，正科级主要指的是正科职和主任科员，一个是领导职务、一个是非领导职务，但级别都是正科级。在“套改”之后实行“职级并行”，一级、二级主任科员都属于正科级。如果担任正科级领导职务，那就是正科职，不管是一级主任科员还是二级主任科员，都属于正科职；如果没有担任领导职务，不管是一级主任科员还是二级主任科员，都属于非领导职务。并不是像一些人认为的那样——一级主任科员对应原来的领导职务正科职，二级主任科员对应原来的非领导职务主任科员。其实，原来的一些资深主任科员，在“套改”时有不少也是“套”的一级主任科员、一级警长之类，但他们并不是正科职，依然属于正科级非领导职务。
那么，正科职又是一个什么概念呢？在县级行政区，“四套班子”下属局、委、办的正职，都属于正科职。再就是乡镇级行政区“四套班子”的正职，也都属于正科职。比如县某某局的局长，某某乡镇的书记、乡镇长、人大主席等等，都属于正科职。在地级行政区，正科职则主要是“四套班子”下属局、委、办的处长（科长）以及市辖区“四套班子”下属局、委、办的正职。比如市局某某处的处长、市辖区某某分局的局长，都属于正科职。当然，“低职高配”或者行政区本身升格的情况除外。例如副省级市，虽然仍然叫做“市”，但其“四套班子”的正职却都是副省部级、而非正厅局级。那么，提问者这个问题就简单多了——是在县里面当局长或者在长镇上当书记、长镇长好，还是去市局当处长（科长）好？个人觉得，各有利弊吧，谈不上好或者坏。
在县、乡镇，正科职绝对是独当一面的存在！无论是县局的局长还是乡镇的书记、乡镇长，管的都是一大片地域，工作内容纷繁复杂、而且以决策层面为主，对于锻炼个人能力还是相当有帮助的。而在市级机关当处长，主要还是侧重于具体的事务性工作，手底下就那么几个人，十几个人就已经是相当大的处了！在锻炼个人能力方面，远不及县局的局长和乡镇的书记、乡镇长。
当然，在市局当处长也有有利的一面，那就是职务晋升相对容易一些。不少“老处长”晋升副局长可能难度有点大，但调个四级调研员或者调任下属副处级事业单位的正职什么的还是很有希望的。但是，在县级行政区，正科升副处，难度就相当大了！毕竟，县里面副处职就那么多、副处级非领导职务的名额也相对有限，可正科职和正科级非领导职务却有很多，各局、委、办的正职、各乡镇“四套班子”的正职，除此之外还有那么多一级主任科员非领导职务，想要晋升副处职或者四级调研员，难度相当大！
除此之外，孩子的教育也是一个大问题。在县级机关任职相对还好一些，尤其是在乡镇任职的，家里孩子基本管不到……本人有几位在乡镇任职的同学，从这个乡调到那个镇的，工作地点根本不固定，基本上也就是周末才能回家一趟。遇上事情，成几个礼拜不能回家的情况也是非常常见的，家里的孩子根本管不到！其中有一位，夫人是个“女强人”、在另一个乡镇任职，孩子直接变成了“城市留守儿童”，一直由家里的老人带着。而在市局相对稳定很多，不少人甚至在一个部门一干就是一辈子，在兼顾家庭方面还是要占一些优势的。所以，二者之间无所谓好坏，各有利弊，主要还是看您自己需要过怎样的生活了。